8.5 workflow.GUI

8.5.1 openModeller

## 软件介绍:
openModeller提供了一个灵活，强大，跨平台的环境来进行生态位建模实验。它由一个用C ++编写的框架组成，该框架允许在其顶部建立多接口，例如命令行程序，桌面接口，Web界面和Web Service界面。该框架包括用于采样点，创建，测试，评估和将模型投影到不同环境场景中的设施，以不同格式读取物种发生和环境数据（包括远程来源，例如GBIF和物种链接以获取物种发生数据，以及WCS栅格数据的提供者）以及许多其他功能。插件提供了10多种算法，包括GARP，Maxent，ENFA和Support Vector Machines。通过C ++ API顶部的内置SWIG绑定，Python程序可以使用相同的功能。

该框架最初是由CRIA在2003年作为FARMSSP资助的物种链接项目的一部分而开发的。然后，它成为由该机构资助的新的为期四年的主题项目的主要主题，该项目包括两个额外的合作伙伴：Poli / USP和INPE。作为一个开放源代码的倡议，openModeller的开发从一开始就还获得了其他人，项目和机构的重要贡献，例如堪萨斯大学自然历史博物馆和生物多样性研究中心（KU），雷丁大学通过BDWorld项目，Incofish，GBIF以及来自BioVeL和EUBrazilOpenBio项目的最新信息。

## 软件下载：
### http://openmodeller.sourceforge.net/index.html

## 关于软件的简要说明：
软件的使用，包含十余种建模方法的ssdm，其中包含了：
人工神经网络
AquaMaps（测试版）
生物爬升clampling/bioclim
共识
气候空间模型
GARP（单次运行）-DesktopGARP实施
具有最佳子集的GARP-DesktopGARP实施
ENFA（生态位因子分析）##这个很有用！
环境距离
信封分数（envelope score）
GARP（单次运行）-新的openModeller实现
具有最佳子集的GARP-新的openModeller实现
最大熵
利基马赛克
随机森林
SVM（支持向量机）
虚拟利基发生器（virtual niche generator）

8.5.2 Niche Analyst(Niche-A)

## 该软件是由胡慧洁教授和堪纳斯大学生态学研究组合作研发，可用于研究生态空间转移、分化以及三维空间可视化；

## 软件地址：
http://nichea.sourceforge.net/overview.html

## 特色功能：
1、三维空间可视化(软件及R代码MVE)
http://nichea.sourceforge.net/case8.html

2、常用niche-model建模的数据处理转化

3、构建虚拟物种；

4、量化三维空间重叠性的可视化
http://nichea.sourceforge.net/function_niche_overlap.html

8.5.2 BCCVL(html)

BCCVL(html)是一个澳大利亚大学开发的在线处理工具，软件可以提供多种生态建模中的常用操作，主要包括以下功能：
1、ssdm（单物种建模） ：
您可以考察当前的气候和环境条件下，一个物种的niche分布。BCCVL当前提供4种不同类别的17种算法来运行您的物种分布模型。
2、MSDM（多物种分布模型）:
在多物种分布模型中可以用来研究当前气候和环境条件下的多物种的niche分布。需要上传csv文件，和选择算法。MSDM采用的方法是一次运行大量物种，然后将该实验的结果作为生物多样性分析的输入进行实验以找到生物多样性热点地区。
3、迁移建模(MM):
在迁移建模实验中，您可以将物种发生数据划分为自己，并对每个子集使用不同的气候和环境变量集。可以用于对不用时间短内出现的在不同地理区域的物种（例如迁徙物种）进行建模，并希望分别对这些亚种群（例如繁殖和觅食种群/区域）进行建模；
4、物种特质建模(STM):
在物种特质建模实验中，可以用于分析环境变量对1个或多个物种性状的影响，还可以测试多个物种性状之间的差异。
5、生物多样性实验：
计算生物多样性指数的系统。这种实验类型基于Shawn Laffan副教授（UNSW）的Biodiverse软件，该软件是使用基于分类学，系统发育和基于矩阵的关系的索引进行多样性空间分析的免费工具。在BCCVL中，生物多样性会使用多个SDM，MSDM或气候变化实验的结果，并将这些结果堆叠起来，以计算出栅格化的物种丰富度，稀有性和地方性估计/热点。
6、气候变化实验：
在气候变化的条件下，用于考察一个物种的潜在为阿里气候条件下的分布。它采用sdm或msdm的结果并将其投影到未来。
7、整合模型分析：
ENSEMBLE MODELS;

## 关于该模型的使用说明：
 模型使用需要在平台注册后使用，可导入环境数据和物种分布数据，结果可下载。内置物种分布数据和环境信息均为澳大利亚地区的对应信息。
 整个模型全部在网页端后的服务器运行，其中包括了详细的物种模型的使用背景信息。

8.5.3 ModestR

## ModestR 处理物种分布图和分类数据，现在仍然活跃；
## 软件链接：
http://www.ipez.es/ModestR/ 

##软件功能：
它支持范围图（区域），示例图（发生记录），甚至两者的混合。
它基于物种栖息地而工作。您可以为每个物种选择允许的栖息地。然后，例如，ModestR可以仅在考虑允许的物种栖息地的情况下自动过滤发生记录，应用凸包或计算EOO。
它允许创建基于分类层次结构的物种分布数据库（请参见下面的DataManager）。然后，您可以像对待单个物种一样轻松地与任何分类组进行整体合作。
它可以以批处理方式在数据库的任何分类组上执行复杂或耗时的任务。例如，您可以启动一个任务，以从GBIF下载任何分类组（一个类，一个订单…）的数据，或者通过一次操作在整个数据库中应用船体转换。这样，处理数千种物种分布图变得非常容易。
它提供了非常有用的功能，例如引导数据清理，使用alpha形状或核密度函数的船体转换，出现率估计的小生境，栅格显示功能以及许多其他功能。
它为任何分类组生成以下分析和汇总数据：AOO，EOO，丰富度，梯度，度量标准等。
它允许轻松整合环境变量，将其用于数据清理或生成合并物种分布数据和环境数据的报告。
您只需在地图上选择所需区域，即可轻松搜索世界任何区域的物种并生成报告（请参见下面的MRFinder）。
您可以轻松制作显示多个物种或等级的地图，并计算空间重叠（请参见下面的MRMapping）。
它允许以多种格式交换数据。因此，例如，您可以轻松地将现有分发数据导入ModestR，或导出ModestR输出以在R中对其进行后处理。
它通过新功能不断改进。我们正在不断维护和改进ModestR，使其更加用户友好，同时也更加CPU友好。在这方面，ModestR已经利用多核CPU来更快地执行任务。